Η ποδοσφαιρική ομάδα του Α.Ο. Δάφνη Π.Φαλήρου ιδρύθηκε το 1946. Το 1968 πραγματοποίησε την πρώτη της άνοδο στη Β’Αθηνών.

Στα χρόνια της δικτατορίας εμφανίζεται σαν συνένωση των σωματείων «Τρίτωνας Π.Φ.» και «Σαρωνικός Π.Φ.», τα οποία παίζουν στο πρωτάθλημα της Β’Αθηνών με το καταστατικό της Δάφνης Π.Φ. και με το όνομα «Π.Α.Σ. Π.Φαλήρου».

Το 1972 με καινούριο καταστατικό, ιδρύθηκε ο Α.Ο. Δάφνη Π.Φαλήρου και Αγίας Βαρβάρας.

Πρώτη σημαντική χρονική περίοδος της ομάδας είναι η 2ετία 1983-1985, οπότε κατάφερε να ανέβει 2 κατηγορίες σερί και να παίζει στην Α’ Αθηνών. Τα επόμενα χρόνια υποβιβάζεται στη Γ’ κατηγορία Αθηνών, μέχρι το 1996, οπότε επιστρέφει στη Β’ Αθηνών.

Δεύτερη σημαντική χρονική περίοδος στην ιστορία της αποτελεί η διετία 2005-2007, κατά την οποία η ομάδα πάλι ανεβαίνει 2 κατηγορίες σερί και παίζει στην Α’ Αθηνών.

Στην Α’ κατηγορία παραμένει μέχρι το 2013. Στη συνέχεια υποβιβάζεται στη Β’ Αθηνών όπου και παραμένει για 2 έτη, μέχρι τη νέα άνοδο τη σεζόν 2015-16.

Μετά τον υποβιβασμό της, τη χρονιά 2017-18, η αντρική ομάδα του Συλλόγου, αγωνίστηκε στη Β’ Αθηνών και με 19 νίκες 6 ισοπαλίες και 5 ήττες ανέβηκε στην Α’ Αθηνών.

Στην Α’ κατηγορία θα παραμείνει μόνο μια χρονιά και μετά από αγώνες μπαράζ (όπως και πριν 2 χρόνια) θα επιστρέψει και πάλι στην Β Αθηνών, όπου όμως δεν θα μείνει για πολύ.

Η αγωνιστική σεζόν 2019-20, παρότι δεν ολοκληρώθηκε ποτέ λόγω της πανδημίας του COVID-19, θα βρει την ομάδα μας μετά από 22 αγωνιστικές, στην 1^η θέση του 3^ου Ομίλου και με διαφορά 9 βαθμών από την 3^η ομάδα της κατάταξης. Έτσι , το 2020-21 επιστρέψαμε στην Α’ κατηγορία των Αθηνών όπου και βρισκόμαστε μέχρι και σήμερα.

Η Ακαδημία Ποδοσφαίρου «Φώτης Τσάγαρης» του Συλλόγου αριθμεί περισσότερα από 350 παιδιά, τα οποία συμμετέχουν κάθε χρόνο στα επίσημα Πρωταθλήματα της ΕΠΣΑ, σε ιδιωτικά τουρνουά καθώς και σε άλλα τουρνουά, διεθνή και εγχώρια στις περιόδους των διακοπών.